Clariom D基因表達晶片
應用範圍:
編碼基因與非編碼基因的表達表現差異偵測
選擇性剪切偵測

規格/特色說明

Clariom D Assay, Human
   
研究顯示,數萬個人類基因中包含了幾十萬個外顯子,它們產生了幾十萬個不同的轉錄本異構體。因技術限制、樣品量要求以及 缺乏分析能力或者工具,檢測和分析這些轉錄本異構體也幾乎是不可能的。Affymetrix 新一代全轉錄組基因表達晶片Clariom D, Human 經過設計,可消除這些技術和分析的限制。這一高分辨率晶片包含了超過六百萬條探針, 其中70% 的探針覆蓋編碼轉錄本的外顯子,其餘30% 的探針覆蓋外顯子之間的剪接位點和非編碼轉錄本。Clariom D晶片無以倫比的 覆蓋度帶來了迄今為止最為深入的編碼和非編碼轉錄本研究,支持基因水平、外顯子水平和可變剪切水平分析。
 
晶片特色


1. 一次實驗即可同時偵測coding RNA, long non-coding RNA, isoform
2. 整合了15個資料庫內容,進行所有轉錄異構體全面分析
3. 僅有100pg (約10 cells)或FFPE樣本也可進行偵測
4. 提供免費分析軟體TAC,執行統計分析,可快速獲得基因表現差異化結果並提供強大的視覺化工具,包含pathway, heat map, venn diagram,及mRNA-miRNA interaction network。

  
Clariom D, Human 參數
 

晶片內容

數量

 Genes(包含coding RNA和long noncoding RNA)

 >134,700

 Transcripts

 >542,500

 Exons  >948,300

 Exon-exon splice junction

 >484,900

 Total probes  >6,765,500
  
Clariom D, Mouse/Rat
   
大小鼠模型已被證明是研究生物分子相互作用和人類疾病的一種寶貴工具。儘管人類和大小鼠的基因水平表達印記可能高度類似,但 在將大小鼠模型裡的臨床前研究轉譯成人類臨床研究時,許多研究人員都遇到了困難。 在這些挑戰中,有些可以用大小鼠模型的實驗設計所產生的廣泛的變化來解釋,這些變化不僅反映在基因水平表達上,而且還反映在 由選擇性剪切事件所產生的轉錄本異構體水平上。對改變的基因水平和轉錄本異構體表達的詳細分析可提供寶貴的思路,以瞭解疾病 內在的發育和病理學機制的分子基礎。
 
晶片特色
1. 可選擇多個層面分析
2. 可確切地分析全基因水平的表達模式
3. 揭示long non-coding RNA 在表達調控中的作用
4. 精準地分析轉錄本異構體和選擇性剪切事件
5. 準確檢測罕見轉錄本而不影響整體性能
 
Clariom D, mouse參數
 

晶片內容

數量

 Genes(包含coding RNA和long noncoding RNA)

 >66,100

 Transcripts

 >214,900

 Exons  >498,500

 Exon-exon splice junction

 >282,500

 Total probes  >6,022,300
 
Clariom D, Rat 參數
  

晶片內容

數量

 Genes(包含coding RNA和long noncoding RNA)

 >68,900

 Transcripts

 >495,200

 Exons  >320,400

 Exon-exon splice junction

 >293,700

 Total probes  >5,946,400

生物晶片
Affymetrix